Etude de l'ADN bactérien ancien

L’analyse du matériel génétique est précieuse pour la caractérisation des maladies. Étudier l’ADN génomique permet de détecter des variants génétiques ou des marqueurs épigénétiques constituant des facteurs de risques pour certaines pathologies. L’étude des transcrits ouvre la voie à une compréhension approfondie des mécanismes pathologiques.

En raison de la dégradation des acides nucléiques au fil du temps et des conditions de conservation souvent sous-optimales, appliquer une approche de pathologie moléculaire, employée couramment en pratique clinique, à des échantillons de collections de tissus anciens est un défi. L’archéogénétique offre une solution permettant l'accès et l’analyse de matériel génétique ancien.

L’objectif de ce module est de mettre en place des méthodes innovantes d’extraction d’acide nucléiques de tissus anciens, de contrôle de qualité du matériel génétique extrait et de séquençage profond de l’ADN et de l’ARN. La preuve de concept est apportée par le séquençage du génome du pathogène de la syphilis (Treponema pallidum) dans le cerveau de cas de neurosyphilis. Les prélèvements de tissus sont guidés par l’étude histopathologique préalable effectuée dans le WP2. Les résultats du séquençage permettent de mieux comprendre l’histoire de la bactérie, grâce à une étude phylogénétique et d’investiguer l’apparition de facteurs de résistance au traitement. Les méthodes mises en place pourront ensuite servir à l’étude d’autres pathologies présentes dans la biobanque.